Pesantren PQBS (Pondok Quran Boarding School) merupakan unit pendidikan di bawah Pesantren Pondok Quran dengan jenjang SMP-MA dengan model asrama atau boarding. Pesantren PQBS dengan sistem dan kurikulumnya berharap bisa melahirkan generasi yang ahli quran, berkarakter islami dan berjiwa pemimpin.
Untuk merealisasikan visi-misinya, Pesantren PQBS mengkombinasi pendidikan formal, pendidikan karakter dan pembelajaran Al-Quran. Sehingga dengan kombinasi tersebut para santri punya bekal untuk menjadi pemimpin di lingkungan masing-masing.
Selain dengan program utama di atas, juga didukung program tambahan lain seperti les privat, eskul, latihan kepemimpinan, kreasi santri dan lain sebagainya.
Sejak 2015, Pesantren telah meluluskan alumni yang melanjutkan pedidikan di lembaga favorit baik tingkat SMA maupun perkuliahan. Ada yang lulus di UGM, Al-Azhar Mesir, kampus di Turki dan berbagai perguruan tinggi lainnya.
