Pada Tahun 2015, tahun kedua setelah berdirinya Taman Quran dan SD AlQuran, berdirilah SMP AlQuran yang bertempat di Ujung berung dekat dengan Masjid Nurul Masyriq. Saat itu, jumlah pendaftar Tahun Ajaran 2015/2016 sebanyak 6 santri putri, yaitu Wafa, Hilyah, Hauna, Nahdah, Atikah, Jilan. Bangunan masih belum berbentuk sekolah, tapi rumah yang disewa. Sistem pendidikan di awal berdirinya SMP AlQuran masih seperti home schooling, kegiatan utamanya adalah tahsin, tahfizh dan muroja’ah. Dibimbing oleh 3 Ustadzah, yaitu Ustadzah Sumayyah, Ustadzah Lita, dan Ustadzah Haula. Setiap akhir pekan, belajar akademik yang dibimbing 2 guru akademik yang mengajar, 1 guru mengajar rumpun MIPA (Matematika dan IPA) diampu oleh Ustadzah Resti Faojiah Ahmad (beliau juga merangkap sebagai Kepala SMP AlQuran pertama), 1 guru lagi mengajar rumpun bahasa (Bahasa Indonesia dan Bahasa Inggris) oleh Ustadzah Rizka Dwi Seftiani (yang saat itu masih tinggal di asrama SD AlQuran sebagai Wakil Kepala Bidang Kurikulum dan Bidang Keasramaan). Selain belajar akademik, juga ada kegiatan refreshing, berolahraga sesuai sunnah, memanah, berenang, dan berkuda.
Memasuki tahun ajaran 2016/2017, di Kantor Pondok Quran Ujung Berung diadakan rapat yang diikuti oleh KH. Hery Saparjan Mursi, Ustadzah Anna Rose, dan Ustadzah Rizka Dwi Seftiani. Di rapat ini dibahas pematangan konsep pesantren yang saat itu masih untuk usia SMP. Jika sebelumnya SMP AlQuran masih dalam nuansa, maka setelah rapat ini, SMP AlQuran dimatangkan dari segi kurikulumnya, pelajaran akademik yang diadakan lebih banyak dari sebelumnya, dan proses legalitas mulai dimatangkan. Kepala Sekolah yang sebelumnya Ustadzah Resti, dialihkan ke Ustadzah Rizka.
Atas karunia Allah SWT, jumlah pendaftar di tahun kedua lebih banyak. Jika sebelumnya hanya ada santri putri, di tahun kedua sudah ada santri putra. Santri putra pertama adalah Qeis, Riyasa, Jundi, Arizi, Ali Yasin, Azzam dan Hilmi yang dibimbing oleh Ustadz Mulki, Ustadz Dede Rifki dan Ustadz Suwarli, bertempat di Awiligar. Pembimbing santri putri di angkatan kedua adalah Ustadzah Rizka, Ustadzah Rumaisha, Ustadzah Kasni, Ustadzah Rista, Ustadzah Indah, Ustadzah Isna, dan Ustadzah Deta. Berbeda dari santri putra yang bertempat di Awiligar, untuk santri putri di tahun kedua adalah di Tirtasasi, rumah yang dihibahkan oleh salah seorang Donatur Pondok Quran.
Di akhir tahun 2016, setelah Pondok Quran membeli tanah di kawasan Bukit Carik Desa Giri Mekar. Bangunan pertama yang berdiri adalah Masjid Riim Al Aliyan, di masjid ini ada lantai bawah yang dimanfaatkan untuk asrama, santri putra yang sebelumnya bertempat di Awiligar, dipindahkan ke lantai bawah masjid ini, sedangkan santri putri masih tetap berasrama di rumah bertingkat yang terletak di Tirtasari. Bangunan asrama pertama setelah masjid adalah bangunan bertingkat yang saat ini terletak di samping Aula Al Hamidah. Setelah bangunan ini berdiri, santri putri yang sebelumnya di Tirtasari dipindahkan ke asrama pertama. Di sinilah tonggak sejarah Pesantren PQBS.
Pada Tahun Ajaran 2017/2018, dibuka kelas i’dad (persiapan) untuk usia lulusan SMP. Setelah kelas i’dad dilanjutkan ke pendidikan menengah atas, bernama SMA AlQuran. Alhamdulillah, di tahun yang sama tepatnya di tanggal 24 Januari 2018 izin operasional SMP AlQuran telah terbit, atas izin Allah. Adapun terkait legalitas SMA AlQuran di tengah proses pengurusan legalitasnya, terdapat beberapa pertimbangan. Sehingga pada akhirnya beralih ke pengurusan legalitas MA Pondok Quran ke Kemenag Kabupaten Bandung.
SMP AlQuran mendapatkan Sertifikat Akreditasi pada Tanggal 12 Desember 2019 dengan Predikat B. Beberapa bulan kemudian di Bulan Maret 2020, di Indonesia sedang digalakkan isolasi karena adanya pandemi Covid-19. Pada awalnya Pesantren PQBS mengambil kebijakan kelas daring, guru-guru yang pulang-pergi mengajar daring di SDQu, santri belajar dengan fasilitasi led TV di asrama masing-masing yang dikondisikan kelasnya oleh Musyrif Musyrifah. Namun setelah dampak pandemi meningkat, maka Pesantren mengambil kebijakan proses pembelajaran daring dari rumah masing-masing. Pada tanggal 28 Mei 2021 Piagam Pendirian MA Pondok Quran telah terbit, sedangkan Sertifikat Akreditasi MA Pondok Quran didapatkan pada tanggal 29 Agustus 2023 dengan Akreditasi A.
